Jusqu'à la nomination de l'administrateur provisoire et de l'agent comptable, la gestion financière et comptable de l'université de Bretagne-Sud est assurée par l'université Rennes-I. Les recettes et les dépenses de l'université de Bretagne-Sud sont individualisées au sein du budget de l'université Rennes-I.

L'administrateur provisoire de l'université est ordonnateur secondaire du budget de l'université Rennes-I pour ce qui concerne l'université de Bretagne-Sud.