L'allocation exceptionnelle est versée en une seule fois. Son paiement est subordonné à la fréquentation régulière de l'établissement.

Pour les établissements d'enseignement publics, l'allocation exceptionnelle des élèves est payée par le comptable public à la personne responsable de l'élève. Pour les élèves qui ont la qualité d'interne ou de demi-pensionnaire, l'allocation est payée à concurrence du montant du tarif d'internat ou de demi-pension au comptable de l'établissement.

Au Centre national d'enseignement à distance, l'allocation exceptionnelle est payée par le comptable à la personne responsable de l'élève.

Pour les établissements d'enseignement privés, l'allocation exceptionnelle, quelle que soit la qualité de l'élève, est payée à la personne responsable de l'élève ou au mandataire nommément désigné par cette dernière.

L'allocation exceptionnelle peut être payée à l'élève majeur ou émancipé, s'il est à sa propre charge.