Le ministre chargé de l'agriculture ou son représentant préside les réunions de la Commission nationale des enseignants-chercheurs en formation plénière.

Les réunions de section sont présidées par le président ou, en cas d'empêchement, par l'un des vice-présidents. Toutefois, ceux-ci ne peuvent assurer la présidence lorsque les délibérations se rapportent à un corps ou à un emploi d'un rang supérieur au leur. Dans le cas où ni le président, ni les vice-présidents ne peuvent siéger, la présidence est assurée par le professeur le plus ancien dans le grade le plus élevé et, en cas d'égalité, le plus âgé, présent à la séance.