Le budget du centre de gestion est établi en section de fonctionnement et en section d'investissement, tant en recettes qu'en dépenses.

Le budget est présenté par chapitres et articles, conformément à la nomenclature par nature établie par arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités locales et du ministre des finances. Cet arrêté fixe également la liste des chapitres et des articles.

Le conseil d'administration vote le budget par chapitre ou, s'il en décide ainsi, par article, conformément à la nomenclature par nature susmentionnée.