Le préfet de la région d'Ile-de-France, préfet de Paris, est assisté par un préfet, secrétaire général, qui le supplée de droit en cas de vacance momentanée, d'absence ou d'empêchement et qui dirige sous son autorité les services de la préfecture de région. Le préfet, secrétaire général de la préfecture de région, exerce les fonctions de secrétaire général aux affaires régionales.

Le préfet de la région d'Ile-de-France, préfet de Paris, est assisté également par un sous-préfet, directeur de cabinet, et par un sous-préfet, chef de cabinet.