L'Office a pour mission dans le cadre du plan de la région approuvé par l'assemblée de Corse, l'aménagement et la gestion de l'ensemble des ressources hydrauliques de Corse pour les usages autres qu'énergétiques.

A cet effet, il étudie, réalise et exploite les équipements nécessaires au prélèvement, au stockage et au transfert des eaux.

De même, il étudie, réalise, exploite des réseaux collectifs d'irrigation et d'assainissement des terres agricoles.

Il peut, à la demande des collectivités locales, étudier, réaliser ou exploiter les équipements nécessaires à la distribution d'eau potable ainsi qu'au traitement des eaux usées.

Il peut, à la demande de la région de Corse, étudier, réaliser ou exploiter des ouvrages à destination énergétique dont la puissance est inférieure à 8.000 kW.