Des modalités spéciales d'exercice du contrôle économique et financier de l'Etat sont fixées en tant que de besoin, par entreprise ou organisme ou catégorie d'entreprises ou d'organismes, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie et du budget pris après information du ministre intéressé. L'arrêté fixant ces modalités peut prévoir que le contrôle est exercé sous forme d'audits périodiques.

Sur proposition du responsable de la mission de contrôle et en accord avec le dirigeant de l'entreprise ou de l'organisme contrôlé, le ministre chargé de l'économie peut étendre le contrôle, pour une durée limitée, à une ou plusieurs de ses filiales mentionnées au 3° de l'article 3 du présent décret.