Le reliquat du fonds est réparti entre les collectivités selon deux modalités complémentaires : 70 % du montant au prorata du total des annuités d'emprunts restant dues et 30 % au prorata du tonnage des abattoirs.

Les annuités retenues sont celles déclarées par les collectivités au titre de l'année 1996 et se rapportent aux emprunts contractés pour financer les investissements réalisés dans les abattoirs et agréés par le comité consultatif du Fonds national des abattoirs. Les tonnages d'activité sont ceux déclarés aux services vétérinaires pour l'année 1996.