La commission se réunit sur la convocation du préfet de région. Elle délibère valablement à condition qu'il y ait au moins huit membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

La commission peut entendre à titre consultatif les représentants des collectivités territoriales concernées par le projet et les experts de l'administration dont elle estime utile de prendre l'avis. Les membres de la commission ainsi que les personnalités ou experts entendus à titre consultatif sont tenus au secret professionnel.

Les avis sont émis par la commission en présence uniquement des membres ayant voix délibérative.