La répartition entre les régimes d'assurance maladie du montant de la remise est effectuée au sein d'une commission nationale de répartition.

Cette commission comprend les représentants des organismes d'assurance maladie au profit desquels la remise est versée. Le ministre chargé de la sécurité sociale, le ministre délégué auprès du ministre de l'économie et des finances, chargé du budget, et le ministre de l'agriculture sont représentés à la commission par des commissaires du Gouvernement.

La composition et les règles de fonctionnement de cette commission, ainsi que la nomination de ses membres sont fixées par un arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale.