Après la traite, le lait destiné à la fabrication laitière est stocké en tank réfrigéré. Le stockage du lait à la ferme ne peut excéder 48 heures, soit 4 traites maximum. Dans le cas de fabrication laitière au lait cru, la durée de stockage est ramenée à 24 heures, soit 2 traites maximum.

Le lait destiné à la fabrication du Saint-Nectaire est collecté séparément lors de tournées de ramassage spécifiques et stocké indépendamment des autres laits. Sa traçabilité est assurée par un enregistrement et permet d'identifier les tournées de ramassage et les tanks de stockage.

La collecte, le stockage et les éléments de traçabilité sont établis de manière indépendante pour le lait cru et le lait traité thermiquement.

Le lait destiné à la fabrication fermière entre en fabrication dès son transfert à la fromagerie, qui intervient sitôt la traite terminée. Le report et le mélange de traite sont interdits.