Le titulaire de l'entrepôt tient une comptabilité des stocks et des mouvements de produits en suspension de taxes et, le cas échéant, de droits de douane, faisant apparaître :

- le statut douanier et fiscal des produits ;

- l'identité des entrepositaires au nom desquels les produits sont placés sous le régime de l'entrepôt fiscal de stockage.

Cette comptabilité fait l'objet de déclarations périodiques de stocks en entrepôt, définies par arrêté du ministre chargé des douanes, retraçant par produit, par entrepositaire, par origine et par régime douanier et fiscal les entrées, les cessions, les manipulations, les sorties ainsi que le stock initial et le stock final.

Le stock final est celui résultant soit d'un bilan comptable, soit d'un mesurage des stocks. Dans le premier cas, le stock final est dénommé "stock comptable", dans le second cas, "stock physique".