Un arrêté préfectoral, pris après avis du comité consultatif, définit les conditions d'exercice de la pêche et de la gestion piscicole dans la réserve, conformément au plan de gestion de la réserve. Cette réglementation doit assurer une gestion extensive respectueuse de la conservation du milieu.

En fonction de la gestion hydraulique définie par le règlement prévu à l'article 10, des alevinages et des repeuplements de poissons peuvent être autorisés par le préfet, après avis du comité consultatif et du conseil scientifique régional de patrimoine naturel.