Les délibérations du conseil d'administration portant sur l'utilisation des fonds provenant de la taxe instituée par l'article 1635 bis M du code général des impôts sont notifiées au commissaire du Gouvernement. Ce dernier dispose d'un délai de huit jours ouvrés à compter de la notification pour signifier son opposition à la délibération. Toute demande d'information complémentaire du commissaire du Gouvernement suspend ce délai jusqu'à réception.

En cas d'opposition, le commissaire du Gouvernement saisit immédiatement le ministre chargé des transports. Ce dernier dispose d'un délai d'un mois à compter de la réception du dossier pour approuver ou refuser d'approuver la délibération. A l'issue de ce délai, en l'absence de décision expresse, la délibération est réputée approuvée.

Les projets de conventions entre l'AFT et tout autre organisme de formation ayant pour objet l'attribution d'une part des fonds provenant de la taxe instituée par l'article 1635 bis M du code général des impôts sont soumis à la même procédure.