Le remboursement au titre des dépenses exposées est effectué, après l'émission par l'Etat d'un ordre de reversement, par la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés.

Une convention conclue entre l'Etat, la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés et l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale fixe les modalités du remboursement, et notamment le mode de calcul des acomptes à verser à l'Etat, de leur régularisation annuelle et le calendrier des versements.