Le montant des ressources affecté aux frais de gestion mentionnés au II de l'article 25 de la loi du 23 décembre 1998 susvisée ne peut dépasser 4 % du montant des dépenses annuelles autorisées du fonds d'aide à la qualité des soins de ville.

Le budget mentionné à l'article 6 du décret du 12 novembre 1999 susvisé précise la nature et le montant des différentes dépenses prévisionnelles relatives à ces frais de gestion.

Chaque année, un rapport d'exécution par nature de dépenses des frais de gestion est présenté par le directeur de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés au comité national de gestion du fonds.