Les principes généraux régissant le fonctionnement de la commission sont les suivants : le secrétariat de la commission est assuré par le bureau de la comptabilité et du contrôle de gestion à la direction de l'administration générale et de la modernisation des services. Il établit les modalités de fonctionnement de la commission dans un règlement intérieur soumis à la signature de la personne responsable des marchés.