La mission est chargée d'un rôle d'information, de conseil et de contrôle en matière économique et financière auprès de l'établissement public et des sociétés dans lesquelles la régie détient plus de 50 % du capital ou dont plus de 50 % du capital est détenu, ensemble ou séparément, par la régie ou par les sociétés ayant elles-mêmes, dans les mêmes conditions, un lien de filiation directe ou indirecte avec la régie.

Des modalités spéciales d'exercice du contrôle sont fixées, en tant que de besoin, notamment pour les filiales, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports.

La mission peut se faire assister par des personnes ou des organismes extérieurs spécialisés dans les techniques de contrôle et d'évaluation après avoir recueilli l'avis des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports.