La teneur en nitrates retenue pour définir les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l'être est déterminée par le percentile 90 des teneurs en nitrates mesurées lors de la dernière campagne annuelle du programme de surveillance.
La règle du percentile 90 consiste à prendre en compte la valeur en deçà de laquelle se situent 90 % des mesures réalisées au cours de la campagne annuelle du programme de surveillance. Lorsque dix mesures ou moins ont été réalisées au total lors de la campagne, la teneur en nitrates retenue pour définir les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l'être est la valeur maximale mesurée parmi toutes les mesures réalisées au cours de la campagne.

L'existence d'une tendance à la baisse de la teneur en nitrates, mentionnée au 1° du II de l'article R. 211-76 du code de l'environnement, est établie par le constat d'une diminution de cette teneur entre les années des deux dernières campagnes du programme de surveillance au moins. Si aucune tendance à la baisse ne peut être démontrée, l'eau est considérée comme susceptible d'être polluée par les nitrates.

Les masses d'eau superficielles dont la teneur en nitrates dépasse 18 mg/l en percentile 90 sont considérées comme subissant ou susceptibles de subir une eutrophisation des eaux douces superficielles ; elles contribuent aussi à l'eutrophisation ou à la menace d'eutrophisation des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. Les communes en intersection avec les bassins versants qui alimentent ces masses d'eaux sont désignées en tant que zone vulnérable.

Les zones vulnérables sont désignées en fonction des masses d'eau pour les eaux souterraines.
Dès lors que la teneur en nitrates d'un point d'une masse d'eau souterraine répond aux critères mentionnés au 1° du I et au 1° du II de l'article R. 211-76 du code de l'environnement, la totalité de la masse d'eau souterraine est considérée comme atteinte par la pollution par les nitrates ou susceptible de l'être et l'ensemble des communes dont une partie du territoire est sus-jacent à la masse d'eau sont désignées comme zone vulnérable.
Toutefois si un fonctionnement hydrogéologique différencié au sein de la masse d'eau peut justifier une compartimentation de la masse d'eau, seules les communes dont une partie du territoire est sus-jacent au compartiment de la masse d'eau atteint par la pollution par les nitrates ou susceptible de l'être sont désignées comme zone vulnérable.

Lorsqu'en application du IV de l'article R. 211-77 du code de l'environnement, il est procédé à une délimitation infracommunale des zones vulnérables pour les eaux superficielles en fonction des limites des bassins versants, l'ensemble du bassin versant qui alimente une masse d'eau superficielle atteinte par la pollution par les nitrates ou susceptible de l'être est inclus dans la zone vulnérable.
La délimitation infracommunale s'appuie sur un référentiel hydrographique des bassins versants alimentant les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l'être. Elle est effectuée en fonction des limites cadastrales ou des éléments topographiques pertinents.

Le directeur de l'eau et de la biodiversité est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.