Par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie et du ministre délégué au budget et à la réforme de l'Etat, porte-parole du Gouvernement, en date du 21 septembre 2005, la mission du service du contrôle général économique et financier « financement de la recherche et de l'innovation » est désignée pour exercer le contrôle économique et financier de l'Etat sur l'Agence de l'innovation industrielle.