La liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles est fixée ainsi qu'il suit pour la période du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2009 :
Centre national de référence des agents transmissibles non conventionnels (ATNC) :
Service d'anatomie pathologique-neurologique, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris) ;
Laboratoires associés :
- service de biochimie et biologie moléculaire, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris) ;
- GIDTIP, direction des sciences du vivant, département de recherche médicale, Commissariat à l'énergie atomique, Fontenay-aux-Roses (92) ;
- équipe avenir maladies humaines à prions, INSERM, IFR 70, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des arbovirus :
Unité de biologie des infections virales émergentes, IFR 128, Institut Pasteur (Lyon) ;
Laboratoire associé : institut de médecine tropicale, Le Pharo-Marseille Armées, service de santé des armées (Marseille).
Centre national de référence des arbovirus et virus Influenzae dans la région Antilles-Guyane :
Laboratoire de virologie, institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
Centre national de référence des anaérobies et du botulisme :
Unité des bactéries anaérobies et toxines, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des Borrelia :
Laboratoire des spirochètes, Institut Pasteur (Paris) ;
Laboratoire associé : institut de bactériologie, les hôpitaux universitaires de Strasbourg.
Centre national de référence des Brucella :
Unité zoonoses bactériennes, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA), Maisons-Alfort (94) ;
Laboratoire associé : institut de bactériologie, CHU de Grenoble.
Centre national de référence des Campylobacter et Helicobacter :
Laboratoire de bactériologie, INSERM-ERI 10 et EA 3667, université Victor Segalen - Bordeaux-II, hôpital Pellegrin (Bordeaux) ;
Centre national de référence du charbon :
Unité des toxines et pathogénie bactérienne, département de pathogenèse microbienne, Institut Pasteur (Paris) ;
Laboratoire associé : unité des zoonoses bactériennes, LERPAZ, unité ZB, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA), Maisons-Alfort (94).
Centre national de référence des Chlamydiae :
Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Hyacinte Vincent, université Victor Segalen - Bordeaux-II (Bordeaux).
Centre national de référence pour la coqueluche et autres bordetelloses :
Unité de prévention et thérapies moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des corynebactéries toxinogènes :
Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, centre d'identification moléculaire des bactéries, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des Cytomégalovirus :
Service de bactériologie-virologie-hygiène, équipe d'accueil MENRT 3175, hôpital Dupuytren, CHU de Limoges.
Laboratoires associés :
- service de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris-VII, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris) ;
- service de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris-V, hôpital Necker-Enfants malades, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des entérovirus :
Laboratoire de virologie du CHU de Lyon, université Claude Bernard - Lyon-I.
Centre national de référence des Escherichia Coli et shigelles :
Unité de biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur (Paris) ;
Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales :
Unité de biologie des infections virales émergentes, Institut Pasteur - INSERM IFR128 (Lyon).
Centre national de référence Francisella Tularensis :
Laboratoire de bactériologie, CHU de Grenoble.
Centre national de référence des gonocoques :
Laboratoire de biologie, institut Alfred Fournier (Paris).
Centre national de référence des Haemophilus Influenzae :
Laboratoire de microbiologie, hôpital Purpan, CHU de Toulouse.
Centre national de référence Legionella :
Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Laennec, université Claude Bernard - Lyon-I.
Centre national de référence des Leishmania :
Laboratoire de parasitologie, CHU de Montpellier.
Centre national de référence de la leptospirose :
Laboratoire des spirochètes, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des Listeria :
Laboratoire des Listeria, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des méningocoques :
Unité des Neisseria, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux :
Laboratoire de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris) ;
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri Mondor, AP-HP (94 Créteil).
Centre national de référence mycologie et antifongiques :
Unité mycologie moléculaire, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence du paludisme :
Laboratoire de parasitologie-mycologie, groupes hospitaliers Bichat, Claude Bernard et Avicennes, AP-HP (Paris) ;
Service de parasitologie-mycologie, faculté de médecine Pitié-Salpêtrière, université Pierre et Marie Curie (Paris-VI) ;
Laboratoires associés :
- institut de médecine tropicale, Le Pharo, Marseille Armées, service de santé des armées (Marseille) ;
- laboratoire de parasitologie, faculté de médecine Pitié-Salpêtrière, université Pierre et Marie Curie (Paris-VI).
Centre national de référence de la chimiorésistance du paludisme dans la région Antilles-Guyane :
Laboratoire de parasitologie, institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
Centre national de référence peste et autres Yersinioses :
Unité de recherche Yersinia, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des pneumocoques :
Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP (Paris) ;
Centre national de référence de la rage :
Laboratoire de la rage, centre médical, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques :
Unité des agents antibactériens, Institut Pasteur (Paris) ;
Laboratoires associés :
- service de microbiologie, CHU de Caen ;
- laboratoire de bactériologie, groupe hospitalier Bichat-Claude Bernard, AP-HP (Paris) ;
- laboratoire de bactériologie, hôpital Jean Minjoz (Besançon).
Centre national de référence des Rickettsies, Coxiella et Bartonella :
Unité des Rickettsies, faculté de médecine, université de la Méditerranée (Marseille).
Centre national de référence des Salmonella :
Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des staphylocoques :
Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Laennec, université Claude Bernard - Lyon-I.
Centre national de référence de la syphilis :
Laboratoire départemental de la Seine-Saint-Denis, conseil général (93 - Bondy) ;
Laboratoire associé : laboratoire fédéré, unité de recherche, service de dermatologie, CHU Cochin - Port-Royal, AP-HP (Paris).
Centre national de référence de la toxoplasmose :
Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Reims ;
Laboratoires associés :
- laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Dupuytren de Limoges ;
- université Louis Pasteur, institut de parasitologie et de pathologie tropicale (Strasbourg) ;
- laboratoire de parasitologie-mycologie, faculté de médecine (Montpellier).
Centre national de référence des Trichinella :
Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Cochin - Port-Royal, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des vibrions et choléra :
Unité du choléra et des vibrions, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des virus entériques (entérovirus exclus) :
Laboratoire de virologie, CHU de Dijon.
Centre national de référence des virus des hépatites à transmission entérique (hépatites A et E) :
Laboratoire de virologie, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris) ;
Laboratoire associé : laboratoire de biologie clinique, hôpital d'instruction des armées du Val-de-Grâce (Paris).
Centre national de référence des virus des hépatites B, C et Delta :
INSERM U635-bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri-Mondor, AP-HP (94 - Créteil) ;
Laboratoires associés :
- laboratoire mixte Institut Pasteur, hôpital Paul Brousse et INSERM U370, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris) ;
- laboratoire-unité de virologie transfusionnelle, Institut national de la transfusion sanguine (Paris) ;
- hépatite Delta : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Avicennes, AP-HP (93 - Bobigny).
Centre national de référence du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) :
Laboratoire de virologie, UFR des sciences pharmaceutiques, CHRU de Tours ;
Laboratoires associés :
- laboratoire de virologie, CHRU de Rouen ;
- laboratoire de microbiologie, groupe hospitalier Bichat - Claude Bernard, AP-HP (Paris) ;
- laboratoire-unité de virologie transfusionnelle, Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
Centre national de référence du virus Influenzae, région Nord :
Unité de génétique moléculaire des virus respiratoires, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence du virus Influenzae, région Sud :
Laboratoire de virologie du CHU de Lyon, université Claude Bernard, Lyon-I.
Centre national de référence de la rougeole :
INSERM U404-immunité et vaccination CERVI (Lyon) ;
Laboratoire associé : laboratoire de virologie humaine et moléculaire, CHU de Caen.

L'arrêté du 26 avril 2002 fixant la liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés, modifié par l'arrêté du 4 mai 2004, prorogeant la désignation des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés est abrogé.

Le directeur général de la santé est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.