Les transports s'effectuent par la voie ferroviaire en 2e classe. Le recours à la 1re classe peut toutefois être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient.

L'usage de la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient et après production des pièces justificatives auprès de l'ordonnateur. Le transport s'effectue en classe économique par une compagnie aérienne régulière ou celle proposant le tarif le plus avantageux.

Les agents peuvent, à titre exceptionnel, utiliser leur véhicule terrestre à moteur, sur autorisation du chef de service ayant délégation de signature, quand l'intérêt du service le justifie.
Les autorisations ne sont délivrées que si l'utilisation du véhicule personnel entraîne une économie et un gain de temps appréciables ou lorsqu'elle est rendue nécessaire soit par l'absence, permanente ou occasionnelle, de moyens de transport en commun, soit par l'obligation attestée de transporter du matériel fragile, lourd ou encombrant.
L'utilisation par l'agent de son véhicule personnel donne lieu à une indemnisation sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.

Lorsqu'un agent est astreint, par ses fonctions, à de fréquents déplacements et sous réserve de la production des pièces le justifiant, l'administration peut prendre en charge une part ou la totalité du coût d'un titre d'abonnement dans la mesure où il en résulte une économie par rapport à la procédure habituelle de prise en charge.
Toute autre formule proposée par les compagnies de transport peut être adoptée par l'administration sous réserve qu'il en résulte une économie.

L'agent en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures a droit au remboursement de ses frais d'hébergement (chambre et petit déjeuner) à hauteur des frais réellement engagés sur présentation d'un justificatif de paiement auprès de l'ordonnateur et dans la limite du plafond fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget, du ministre chargé des affaires étrangères et du ministre chargé de l'outre-mer.
Le taux maximum du remboursement des frais d'hébergement est fixé à 45 € par nuitée.
Ce taux est porté à 60 € dans les communes suivantes :
― Paris ;
― communes limitrophes à Paris des départements des Hauts-de-Seine, de la Seine-Saint-Denis et du Val-de-Marne ;
― communes de plus de 200 000 habitants au sens du recensement le plus récent de l'INSEE.
Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement.

L'agent perçoit l'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaires de repas, fixée à 15,25 € par repas, s'il se trouve en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures pour le repas de midi et entre 19 heures et 21 heures pour le repas du soir et si les repas ne lui sont pas fournis gratuitement.

Le temps passé à bord des avions, bateaux et trains peut donner lieu au versement d'indemnités de repas si le prix du billet ne comprend pas la prestation.

Les indemnités sont décomptées sur la base des horaires de début et de fin de mission. En cas d'utilisation des transports en commun, ces horaires sont ceux figurant sur les titres de transport. Toutefois, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour se rendre au lieu où il emprunte le moyen de transport en commun et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à une heure trente en cas d'utilisation de l'avion ou du bateau.

Les dispositions des articles 6 à 9 sont applicables à l'intérim.

Les frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de la mission, entre sa résidence administrative ou familiale et la gare ou l'aéroport, ainsi que ceux exposés sur le lieu de la mission sont remboursés sur production des justificatifs de la dépense.
En cas d'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie, l'agent peut bénéficier du remboursement de ses frais de taxi sur production d'un justificatif de paiement ou, s'il utilise son véhicule personnel, être indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé. En outre, dans ce dernier cas, sur présentation des pièces justificatives, les frais de parc de stationnement, dans la limite de quarante-huit heures, ainsi que de péage d'autoroute sont également remboursables.
En l'absence de tout autre moyen de transport adapté, les frais de location d'un véhicule peuvent donner lieu à remboursement, sur autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur présentation des pièces justificatives, en cas de déplacement itinérant dans une zone géographique restreinte ou, très exceptionnellement, lorsqu'il y a obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.
Les excédents de bagages afférents au transport de matériel technique ou de documents administratifs pour des raisons de service, et uniquement dans ce cadre, sont pris en charge par l'administration sur accord préalable de sa part.
Ces dispositions sont également applicables à l'intérim.

Le recours à la 1re classe pour la voie ferroviaire peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient.

Pour la voie aérienne, la prise en charge du voyage sur la base du tarif de la classe immédiatement supérieure à la classe économique peut être autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque la durée du voyage est égale ou supérieure à douze heures.

Les dispositions de l'article 4 s'appliquent aux déplacements outre-mer.
Dans les cas où il a été autorisé à utiliser son véhicule personnel par l'autorité qui ordonne le déplacement, l'agent en poste à l'étranger peut prétendre au versement d'indemnités kilométriques dans les conditions prévues par l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé.

Tout déplacement à l'étranger et en outre-mer ouvre droit à une indemnité de mission journalière destinée à couvrir les frais d'hébergement (chambre et petit déjeuner) et de repas ainsi que les frais divers exposés par l'agent sur le lieu du séjour.

L'indemnité journalière de mission est allouée dans les conditions suivantes :
65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission pendant tout ou partie de la période comprise entre 0 heure et 5 heures et sur présentation du justificatif de paiement de l'hébergement ;
17,5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures ;
17,5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 19 heures et 21 heures.
Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.
Ces dispositions sont également applicables aux tournées et à l'intérim.

Toute escale de plus de cinq heures dans un pays ouvre droit à une indemnité de repas ou de nuitée en fonction des plages horaires définies à l'article 16.

Lorsque l'agent bénéficie d'une prestation gratuite, qu'il s'agisse d'hébergement ou de repas, il ne peut prétendre à la fraction correspondante de l'indemnité de mission.

Le temps passé à bord des avions, bateaux et trains peut donner lieu au versement d'indemnités de repas si le prix du billet ne comprend pas la prestation. Le paiement de la part de l'indemnité journalière de mission relative au repas intervient sur présentation du justificatif de dépense.

Les taux journaliers des indemnités susceptibles d'être attribuées aux agents à l'occasion des missions ou des tournées qu'ils effectuent à l'étranger sont ceux prévus par l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission.

Les taux journaliers des indemnités susceptibles d'être attribuées aux agents à l'occasion des missions ou des tournées qu'ils effectuent en outre-mer sont les suivants :
90 € pour la Martinique, la Guadeloupe, la Guyane, La Réunion, Mayotte et Saint-Pierre-et-Miquelon ;
120 € pour la Nouvelle-Calédonie, les îles Wallis et Futuna et la Polynésie française.

Les frais suivants peuvent donner lieu à remboursement sur présentation des pièces justificatives auprès de l'ordonnateur :
― les frais liés à la délivrance d'un passeport ou d'un visa, aux vaccinations et aux traitements médicaux prophylactiques obligatoires ou recommandés par l'Institut Pasteur, les taxes d'aéroport et autres taxes et impôts touchant les voyageurs sous réserve de l'accord préalable de l'autorité administrative ;
― les excédents de bagages afférents au transport de matériel technique ou de documents administratifs pour des raisons de service, sous réserve de l'accord préalable de l'autorité administrative ;
― les frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de la mission, entre sa résidence administrative ou familiale et la gare ou l'aéroport. En cas d'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie, l'agent peut bénéficier du remboursement de ses frais de taxi ou, s'il utilise son véhicule personnel, être indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé. En outre, dans ce dernier cas, les frais de parc de stationnement, dans la limite de quarante-huit heures, ainsi que de péage d'autoroute peuvent lui être remboursés ;
― sous réserve de l'autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement, les frais de location de véhicule exposés par l'agent en l'absence de tout autre moyen de transport adapté, en cas de déplacement itinérant dans une zone géographique restreinte ou, très exceptionnellement, lorsqu'il y a obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.