L'établissement est doté de commissions thématiques interfilières qui sont chargées d'informer les pouvoirs publics et les filières sur les évolutions économiques structurelles non spécifiques à l'une d'entre elles, par une concertation interfilières associant notamment les représentants des filières et des pouvoirs publics.

Les missions et la composition de chaque commission thématique interfilière sont définies par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Le président et le cas échéant le vice-président de chaque commission thématique interfilière sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, parmi ses membres, sur proposition de cette commission.

Les membres de commissions thématiques interfilières autres que les représentants de l'Etat sont nommés par décision du directeur général de l'établissement.