L'accord mentionné aux articles L. 2391-1 ou L. 2391-3 fixe les modalités de fonctionnement de l'instance, notamment :

1° Le nombre minimal de réunions, qui ne peut être inférieur à une réunion tous les deux mois ;

2° Les modalités selon lesquelles l'ordre du jour est établi et communiqué aux représentants du personnel ;

3° Le rôle respectif des membres titulaires et des membres suppléants ;

4° Le nombre d'heures de délégation dont bénéficient les membres de l'instance pour l'exercice de leurs attributions, qui ne peut être inférieur à un seuil fixé par décret en Conseil d'Etat en fonction des effectifs de l'entreprise ou de l'établissement et des compétences de l'instance ;

5° Le nombre de jours de formation dont bénéficient les membres pour l'exercice de leurs attributions, qui ne peut être inférieur à un seuil fixé par décret en Conseil d'Etat ;

6° Lorsque l'instance inclut le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail :

a) La composition et le fonctionnement au sein de l'instance d'une commission d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail à laquelle peuvent être confiées, par délégation, tout ou partie des attributions reconnues au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail et que la commission exerce pour le compte de l'instance ;

b) Un nombre minimal de réunions de l'instance consacrées, en tout ou partie, à l'exercice de ses attributions en matière d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail, qui ne peut être inférieur à quatre par an.

L'accord peut prévoir la mise en place des commissions prévues aux articles L. 2325-23, L. 2325-26, L. 2325-27 et L. 2325-34, dans les conditions prévues aux mêmes articles. Une commission des marchés est mise en place dès lors que l'instance remplit les critères prévus à l'article L. 2325-34-1.

A défaut de stipulations de l'accord sur ces sujets, les règles de fonctionnement de l'instance relatives au nombre de représentants et au nombre de jours de formation et d'heures de délégation sont déterminées par décret en Conseil d'Etat.

Les autres règles de fonctionnement sont celles prévues :

1° Pour le comité d'entreprise au chapitre V du titre II du présent livre, lorsque l'instance procède au regroupement notamment du comité d'entreprise ou d'établissement ;

2° Pour le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail au chapitre IV du titre Ier du livre VI de la quatrième partie, lorsque l'instance ne procède pas au regroupement du comité d'entreprise.