L'organisation générale de l'ensemble des stations de pilotage est fixée par décret pris sur le rapport du ministre des ports maritimes.
Dans chaque station, les dispositions concernant les limites de la zone où le pilotage est obligatoire, l'effectif des pilotes, la composition des biens nécessaires à l'exécution du service, les tarifs et les indemnités de pilotage sont déterminés par le règlement local. Celui-ci est établi par le préfet de région, après avoir recueilli l'avis de l'assemblée commerciale mentionnée à l'article R. 5341-48.

L'assemblée commerciale est chargée de donner au préfet de région un avis motivé sur les aspects économiques du pilotage, notamment sur les conditions de service et les tarifs.
Elle est instituée pour chaque port maritime de commerce.
Il peut être constitué une assemblée unique couvrant plusieurs ports.

L'assemblée commerciale comprend les membres suivants avec voix délibérative :
1° Deux représentants des armateurs ;
2° Deux représentants des autres usagers du port ;
3° Deux pilotes servant le port concerné ;
4° Deux représentants de l'entité portuaire, à savoir :
a) Dans les grands ports maritimes, deux représentants du conseil de surveillance ;
b) Dans les ports autonomes, deux représentants du conseil d'administration ;
c) Dans les autres ports, un représentant du délégataire chargé de la gestion des principaux équipements portuaires et un représentant de l'autorité portuaire, ou, en l'absence de délégataire, deux représentants de l'autorité portuaire.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Sont membres de l'assemblée commerciale avec voix consultative :
1° Le directeur départemental des territoires et de la mer ou son représentant ;
2° Dans les grands ports maritimes, le président du directoire du grand port maritime ou son représentant ;
3° Dans les ports autonomes, le directeur du port autonome ou son représentant.
Assistent aux séances de l'assemblée commerciale avec voix consultative :
1° Lorsque l'ordre du jour porte sur l'examen des limites de la zone de pilotage obligatoire, le préfet maritime ou, dans les départements d'outre-mer, le préfet délégué du Gouvernement pour l'action de l'Etat en mer, ou leur représentant ;
2° Lorsque l'ordre du jour comprend l'examen des tarifs, le directeur départemental de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ou son représentant.
L'assemblée commerciale peut entendre toute personne propre à éclairer ses délibérations.

Les membres ayant voix délibérative sont nommés pour trois ans par le préfet de la région dans laquelle sont situées les principales installations du port, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé des ports maritimes. Un suppléant est nommé dans les mêmes conditions pour chacun de ces membres.
Lorsqu'un membre décède, démissionne ou perd la qualité pour laquelle il était désigné, il est remplacé, pour la durée du mandat restant à courir, par un membre désigné dans les mêmes conditions.
Le mandat de membre de l'assemblée commerciale est renouvelable. Ces fonctions sont gratuites. Toutefois, les membres de la commission peuvent être remboursés de leurs frais de transport et de séjour dans les conditions applicables aux fonctionnaires de l'Etat pour leurs déplacements temporaires.
Le président de l'assemblée commerciale est élu, pour la durée du mandat, parmi les membres avec voix délibérative, à la majorité des deux tiers des membres composant l'assemblée, lors de la première séance, laquelle est mise en place par le préfet de région ou son représentant.

Compte tenu des conditions locales, le préfet de la région dans laquelle se situe le siège de la station peut, après avoir recueilli l'avis favorable des assemblées commerciales concernées, procéder au regroupement de plusieurs assemblées commerciales. Le préfet de région arrête la liste des membres de la nouvelle assemblée.
Dans le cas d'un regroupement, la composition doit comprendre un nombre égal de membres avec voix délibérative, pour chacune des quatre catégories mentionnées à l'article R. 5341-49, avec un maximum de quatre membres par catégorie. Les membres ayant voix consultative ou leurs représentants assistent aux réunions de l'assemblée commerciale pour les affaires inscrites à l'ordre du jour relevant de leur compétence. Les assemblées uniques communes à plusieurs ports sont soumises aux dispositions du présent alinéa.

Un arrêté du ministre chargé des ports maritimes fixe les conditions d'organisation et de fonctionnement des assemblées commerciales.

Le fonctionnement des stations de pilotage est exercé sous la tutelle du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci peut imposer aux stations des règles adaptées du plan comptable général.
Les stations sont tenues d'adresser au préfet de région les informations nécessaires à l'exercice des pouvoirs conférés à cette autorité par l'article R. 5341-47. Elles font également parvenir à cette autorité l'état des investissements en biens meubles et immeubles nécessaires à l'exécution du service un mois avant que le budget de la station ne soit arrêté.

Un règlement intérieur détermine les détails de fonctionnement du service dans chaque station. Il est pris par le préfet de région, après consultation du chef de pilotage et des pilotes.

Sauf les exceptions prévues par les règlements locaux, les rémunérations sont mises en commun dans les stations où le service se fait au tour de liste. Un règlement intérieur, arrêté d'accord avec les intéressés, fixe les conditions dans lesquelles sont réparties aux ayants droit les recettes du pilotage.

Dans les stations de pilotage des ports civils, la direction du service du pilotage est exercée par le chef du pilotage.
Le chef du pilotage est, par principe, le président du syndicat des pilotes de la station, selon des modalités déterminées par le règlement local ou le règlement intérieur de la station. Cependant, à titre exceptionnel, une personne n'occupant pas les fonctions de président du syndicat des pilotes peut être nommée chef du pilotage par arrêté du préfet du département où se situe le siège de la station de pilotage.
Dans ce dernier cas, le chef du pilotage est nommé parmi les pilotes en retraite ou en activité, ayant au moins dix ans d'exercice dans leurs fonctions, ou, à défaut, parmi les capitaines de la marine marchande réunissant au minimum quatre ans de commandement ou les officiers de marine en retraite ou démissionnaires depuis moins de cinq ans. Il est âgé de quarante ans au moins et de cinquante-cinq ans au plus à la date de sa nomination.

Dans les stations de pilotage des ports militaires, la direction du service du pilotage est exercée par le directeur des mouvements du port.

La limite d'âge maximum est fixée à soixante-cinq ans pour les chefs de service de pilotage.

Dans les stations où il existe un chef du service du pilotage, son autorité s'exerce sur tous les détails du service. Il assure l'application des règlements, l'organisation intérieure, la répartition du travail entre les pilotes, il dirige le personnel, il règle le tour de service, autorise les absences. Il veille sur la composition, l'entretien et l'emploi du matériel de la station.
Il rend compte au directeur départemental des territoires et de la mer de tous les incidents relatifs au service. Il lui transmet d'urgence, avec son avis, les rapports des pilotes relatifs aux accidents de mer et lui signale les fautes d'ordre professionnel commises par les pilotes.
Il vérifie et vise les bons de pilotage et contrôle les services qui y sont mentionnés.
Il prend, en tant que de besoin et, s'il y a lieu, d'accord avec les pilotes, toutes les mesures conservatoires utiles dans l'intérêt de la station.

Les pilotes sont, à titre collectif, propriétaires du matériel de la station. Les parts de propriété sont égales pour chaque pilote. Le pilote qui se retire du service ou qui est licencié perd ses droits sur le matériel et sa part lui est remboursée par son remplaçant, dans les conditions qui sont déterminées par le règlement intérieur de la station.

Les syndicats de pilotes peuvent, dans les conditions prévues par l'article L. 5341-7, entreprendre à titre collectif l'exploitation du matériel de la station, conformément aux dispositions du code du travail relatives aux syndicats professionnels. Dans ce cas, il est versé au syndicat, sur les recettes brutes de la station, les sommes nécessaires pour faire face aux dépenses d'exploitation, et, en compensation des frais généraux et de gérance, une somme forfaitaire qui ne pourra excéder 2 % des recettes brutes de la station.

Sauf les exceptions prévues par les règlements locaux en application de l'article L. 5341-9, il est créé dans chaque station de pilotage une caisse de retraite et de secours destinée à assurer des retraites et des secours aux pilotes ainsi qu'à leurs veuves et orphelins, conformément aux dispositions de l'article L. 5341-8.
Le règlement de la caisse de retraite et de secours, pris par arrêté du préfet de région, après consultation du chef du pilotage et des pilotes, précise les règlements locaux relativement :
1° Au montant de la retenue à exercer sur les recettes de la station pour assurer le fonctionnement de cette caisse ;
2° Aux conditions d'âge et de service dans le pilotage que doivent réunir les pilotes pour avoir droit à des pensions ou à des secours ;
3° Aux conditions dans lesquelles des pensions ou des secours sont attribués aux veuves et aux orphelins des pilotes ;
4° Au taux de ces pensions et secours ;
5° Aux dispositions relatives à la gestion de la retenue prévue au 1°.

Il est prélevé sur toutes les recettes brutes de la station (recettes normales, pilotage de choix et toutes autres indemnités, à l'exception des indemnités de déplacement et de nourriture) les sommes nécessaires :
1° Pour assurer le payement des pensions et secours ;
2° Pour faire face aux dépenses d'achat et d'entretien du matériel ;
3° Pour le payement des salaires du personnel, du loyer des locaux, des frais d'administration et, d'une manière générale, de toutes les dépenses intéressant la station à titre corporatif.
Les retenues ainsi effectuées peuvent, conformément aux articles L. 5341-7 et L. 5341-9, être versées au groupement professionnel de la station qui aura pris la charge de l'exploitation du matériel et de la constitution des caisses de retraite et de secours.
Les retenues peuvent constituer soit des sommes variables, soit un pourcentage fixé dans le règlement local ou dans le règlement intérieur de la station.