Les dispositions de la présente section s'appliquent dans les ports soumis au règlement (CE) n° 725/2004 du Parlement européen et du Conseil du 31 mars 2004 relatif à l'amélioration de la sûreté des navires et des installations portuaires. Le ministre chargé des transports en fixe la liste par arrêté.
Toutefois, un arrêté du ministre chargé des ports maritimes détermine, en fonction de l'évaluation obligatoire du risque de sûreté qu'il a fait réaliser en application du paragraphe 3 de l'article 3 du règlement mentionné au premier alinéa, dans quelle mesure les dispositions du présent chapitre s'appliquent à certaines catégories de navires effectuant des services intérieurs et aux ports et installations portuaires les desservant. Le ministre veille à ce que le niveau global de sûreté ne puisse en aucun cas être compromis.

La zone portuaire de sûreté instituée par l'article L. 5332-1 est délimitée par arrêté du représentant de l'Etat dans le département après avis de l'autorité portuaire.