Les avant-projets de travaux de construction, d'extension et de modernisation des infrastructures des ports départementaux et communaux sont soumis, avant décision de la collectivité compétente, à une instruction menée par le directeur du port.

Le dossier d'instruction comporte l'étude d'impact prévue par les articles R. 122-1 et suivants du code de l'environnement, lorsque celle-ci est requise en application de l'article R. 122-2 du même code.
Ce dossier comporte également l'évaluation mentionnée à l'article R. 1511-7 lorsque les travaux constituent un grand projet d'infrastructures tel que défini à l'article R. 1511-3.
En outre, lorsqu'il y a lieu, le dossier :
1° Mentionne la ou les rubriques de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement, dont relèvent les travaux ;
2° Comporte le document prévu aux articles R. 214-6 et R. 214-32 du code de l'environnement. Si l'étude d'impact fournit les informations requises, elle tient lieu de ce document.

L'instruction comprend les formalités suivantes qui sont effectuées simultanément :
1° Consultation du conseil portuaire ;
2° Consultation des collectivités et des services locaux intéressés ;
3° Consultation du concessionnaire, lorsqu'il n'est pas maître d'ouvrage ;
4° Consultation de la chambre de commerce et d'industrie compétente, lorsqu'elle n'est pas le concessionnaire ;
5° Consultation, s'il y a lieu, de la commission nautique dont les conditions de fonctionnement sont fixées par le décret n° 86-606 du 14 mars 1986 relatif aux commissions nautiques. La grande commission nautique est consultée sur les opérations comportant une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès. La commission nautique locale est consultée dans les autres cas ;
6° Consultation s'il y a lieu de la commission régionale pour l'amélioration des conditions de débarquement des produits de la pêche ;
7° Enquête publique s'il y a lieu.
Dans le cas où les travaux envisagés sont soumis aux procédures prévues les articles L. 214-1 à L. 214-6 du code de l'environnement, l'instruction est menée simultanément avec celle prévue par les articles R. 214-6 à R. 214-56 du même code.
Le délai imparti aux collectivités, établissements publics, commissions et services consultés en application des 1°, 2°, 3°, 4° et 5° du présent article pour faire connaître leur avis est de deux mois à compter du jour où ils y sont invités. L'absence de réponse dans ce délai vaut avis favorable.

La demande de concession d'outillage public ou d'avenant est instruite par le directeur du port dans les conditions prévues à l'article R. 5314-2.
Le montant de la redevance pour occupation du domaine public de l'Etat fixé par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques est mentionné dans le dossier d'instruction.
Lorsque la convention comporte la réalisation de travaux, il n'est procédé qu'à une seule instruction.

Pour répondre aux besoins des navires utilisant habituellement le port, l'autorité portuaire établit, dans des conditions qu'elle détermine, notamment en ce qui concerne la consultation des usagers, un plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison.
Un plan de réception et de traitement des déchets, établi dans les conditions prévues par les autorités portuaires intéressées, peut être commun à plusieurs ports.
Le plan fait l'objet d'un réexamen par l'autorité portuaire tous les trois ans ainsi qu'après toute modification significative de l'exploitation du port.
Il est communiqué au représentant de l'Etat.
Le contenu du plan est conforme aux prescriptions de l'arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé de l'environnement définissant le contenu et les modalités d'élaboration de ces plans, qui comportent notamment le recensement des besoins et des installations utilisables, les procédures de réception et le système de tarification.

L'autorité compétente mentionnée aux articles R. 5314-6, R. 5314-9 et R. 5314-10 est l'exécutif de la collectivité territoriale ou du groupement compétent.