La prise en considération des avant-projets des travaux de construction, d'extension et de modernisation et l'autorisation de ces travaux font l'objet de décisions du ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration. Toutefois, pour les travaux définis à l'article L. 5313-9, le conseil d'administration demeure compétent dans les conditions fixées à cet article.
Lorsqu'il y a lieu à instruction, celle-ci se déroule conformément à l'article R. 5313-66.

La décision du ministre prenant en considération l'avant-projet indique s'il y a lieu ou non de procéder à instruction et, dans la négative, s'il y a lieu ou non à consultation de la commission permanente d'enquête.

L'instruction est effectuée à la diligence du directeur du port.

Le dossier d'instruction comporte l'étude d'impact prévue par les articles R. 122-1 et suivants du code de l'environnement, lorsque celle-ci est requise en application de l'article R. 122-2 du même code.
Il comporte également l'évaluation mentionnée à l'article R. 1511-7, lorsque les travaux constituent un grand projet d'infrastructures tel que défini à l'article R. 1511-3.
En outre, lorsqu'il y a lieu, le dossier :
1° Mentionne la ou les rubriques de la nomenclature, annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement, dont relèvent les travaux ;
2° Comporte le document prévu par l'article R. 214-6 ou l'article R. 214-35 du code de l'environnement. Lorsque l'étude d'impact fournit les informations requises, elle tient lieu de ce document.

L'instruction, menée par le directeur du port autonome, comprend, outre la consultation du conseil d'administration, les formalités suivantes effectuées simultanément :
1° Consultation de la commission permanente d'enquête ;
2° Consultation des collectivités et des services locaux intéressés ;
3° Consultation de la ou des chambres de commerce et d'industrie territoriales concernées ;
4° Consultation, s'il y a lieu, de la commission nautique dont les conditions de fonctionnement sont fixées par le décret n° 86-606 du 14 mars 1986 relatif aux commissions nautiques. La grande commission nautique est consultée sur les opérations comportant une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès. La commission nautique locale est consultée dans les autres cas ;
5° Consultation, s'il y a lieu, de la commission régionale pour l'amélioration des conditions de débarquement des produits de la pêche ;
6° S'il y a lieu, l'enquête publique prévue par les articles R. 123-1 et suivants du code de l'environnement.
Dans le cas où les travaux envisagés sont soumis aux procédures prévues par les articles R. 214-6 à R. 214-56 du code de l'environnement, l'instruction est menée simultanément avec celle prévue par l'article R. 214-6 du code de l'environnement.

Le délai imparti aux collectivités, établissements publics, commissions et services consultés en application des 1°, 2°, 3° et 4° de l'article R. 5313-66 pour faire connaître leur avis est de deux mois à compter du jour où ils y sont invités. L'absence de réponse dans ce délai vaut avis favorable.

En cas d'expropriation pour cause d'utilité publique, il est procédé simultanément à l'instruction prévue à l'article R. 5313-66 et à l'enquête publique prescrite pour les enquêtes préalables à une déclaration d'utilité publique régies par le titre Ier du livre Ier du code de l'expropriation pour cause d'utilité publique.

L'Etat supporte les frais de l'entretien et de l'exploitation des écluses d'accès, de l'entretien des chenaux d'accès maritimes, de la profondeur des avant-ports et des ouvrages de protection contre la mer. Pour l'exécution de ces travaux, il supporte dans les mêmes conditions les dépenses relatives aux engins de dragage dans les conditions fixées par l'article R. 5313-73. Le régime de propriété et les conditions d'exploitation de ces matériels de dragage sont précisés à l'article R. 5313-73.

L'Etat participe dans la proportion de 80 % aux dépenses résultant des opérations de modernisation suivantes :
1° Creusement des bassins ;
2° Création et extension des chenaux d'accès maritimes et des plans d'eau des avant-ports ;
3° Construction et extension d'ouvrages de protection contre la mer et d'écluses d'accès, ainsi que renouvellement de ces deux dernières catégories d'ouvrages.
En outre, l'Etat rembourse 60 % des sommes versées pour le service des emprunts émis pour faire face aux opérations de même nature engagées antérieurement à la création du port autonome et que celui-ci contracte ou prend en charge en application de l'article L. 5313-4.

Les charges des travaux de création, d'extension ou de renouvellement des ouvrages d'infrastructure et engins de radoub autres que ceux mentionnés à l'article R. 5313-70 sont couvertes dans la proportion de 60 % par des participations de l'Etat.
En outre, l'Etat rembourse 20 % des sommes versées pour le service des emprunts émis pour faire face aux opérations de même nature engagées antérieurement à la création du port autonome et que celui-ci contracte ou prend en charge en application de l'article L. 5313-4.

Les participations de l'Etat prévues aux articles R. 5313-69 à R. 5313-71 sont égales à la fraction des dépenses réelles qui est à sa charge, augmentée de la part correspondante des frais généraux du port autonome.

Le programme et le montant des dépenses mentionnées à l'article R. 5313-69 sont arrêtés chaque année par le ministre chargé des ports maritimes sur proposition du directeur du port autonome.
Les dépenses relatives aux engins de dragage mentionnées à l'article R. 5313-69 que le port autonome assure aux frais de l'Etat comportent les dépenses d'acquisition, d'entretien, de grosses réparations, d'amélioration et de renouvellement du matériel affecté à ces opérations.
L'Etat peut reprendre possession, à tout moment, à titre temporaire ou définitif, et après avis du port autonome, des engins de dragage acquis dans les conditions fixées ci-dessus.

L'Etat n'apporte aucune participation au titre des articles R. 5313-69 à R. 5313-71 à la création, à l'entretien, à l'exploitation ou au renouvellement des ouvrages mentionnés à ces articles et qui font l'objet d'une concession d'outillage public ou d'une autorisation d'outillage privé avec obligation de service public ou d'une autorisation d'occupation temporaire du domaine public.

Le port autonome peut être chargé, sur la demande du conseil d'administration, de la gestion de certains services publics connexes à ceux du port, tels que remorquage, éclairage, balisage, dispositifs d'aide à la navigation à l'intérieur des limites du port autonome ou pour ses accès, services sanitaires, de sauvetage ou d'incendie, police et surveillance des quais.
Des arrêtés conjoints du ministre chargé des ports maritimes et des ministres intéressés fixent les conditions de la remise de ces services au port autonome ainsi que les règles de leur fonctionnement.

Le ministre chargé des ports maritimes peut, par arrêté pris après avis du conseil d'administration, confier au port autonome, au titre de services annexes, la gestion d'un service maritime ou d'un service de navigation dont il définit la consistance.
Pour cette gestion, le directeur relève directement de l'autorité du ministre chargé des ports maritimes et le personnel du port autonome agit pour le compte de l'Etat.

Dans le respect de la législation en vigueur, un port autonome peut créer des filiales ou prendre des participations dans des organismes, sociétés ou groupements qui, eu égard à leur objet complémentaire ou connexe à ses missions, sont de nature à concourir à son développement.
Les créations de filiales, les prises, cessions ou extensions de participations financières décidées par le conseil d'administration du port autonome sont soumises à l'approbation préalable conjointe du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé des finances et du ministre chargé du budget, dans les conditions fixées par les articles R. 5313-57 et R. 5313-61.