Le décret en Conseil d'Etat créant un port autonome est pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes après avis du ministre de l'économie, du ministre de l'intérieur et du ministre chargé de l'industrie.
Le port reçoit la dénomination du port principal englobé dans l'établissement public. Toutefois, si cet établissement englobe plusieurs ports importants, sa dénomination peut comporter l'énumération de ces ports.
Pour les ports autonomes substitués à des ports non autonomes, le décret fixe la date de mise en vigueur du nouveau régime.

Le décret en Conseil d'Etat prévu à l'article L. 5313-3 et déterminant la circonscription du port autonome est pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de l'économie.

Le ministre chargé des ports maritimes, en même temps qu'il soumet à l'avis des ministres mentionnés à l'article R. 5313-1 le projet de décret portant création du port autonome, engage la procédure d'instruction préalable à la détermination de la circonscription du port.
Le préfet du département du port principal établit, sur proposition du directeur du port autonome existant ou du directeur du port intéressé, le dossier à soumettre à l'instruction.
Ce dossier comporte une notice indiquant :
1° Les limites de circonscription du futur port autonome ;
2° S'il y a lieu, la date à laquelle le régime de l'autonomie défini par le présent chapitre sera substitué au régime d'autonomie précédemment en vigueur ;
3° Si la circonscription du port autonome à créer englobe un ou plusieurs ports, la liste des conseils portuaires qui doivent être consultés ;
4° La liste des collectivités publiques, des services et établissements publics intéressés à consulter. Les collectivités publiques intéressées sont les régions, les départements, les communes et les établissements de coopération intercommunale compétents en matière d'aménagement de l'espace sur le territoire desquels s'étend la circonscription du port autonome ;
5° Un plan indiquant le périmètre de l'établissement autonome tant du côté de la mer que du côté des terres.

Le dossier est soumis sans délai avec un rapport justificatif à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci invite le préfet à procéder à l'instruction, sans consultation de la commission nautique locale.
Le préfet adresse, dans le délai maximum de quinze jours après clôture de l'instruction, son rapport avec le dossier au ministre chargé des ports maritimes et au préfet de région.

Les limites de la circonscription d'un port autonome peuvent être modifiées sur proposition du conseil d'administration par décret en Conseil d'Etat dans les conditions prévues à l'article R. 5313-2 et selon la procédure d'instruction définie ci-après.
Le directeur du port autonome établit un dossier à soumettre à l'instruction qui comporte :
1° La description des limites futures de circonscription du port et la justification des modifications envisagées ;
2° Un plan sur lequel figure le périmètre de l'établissement autonome, tant du côté de la mer que du côté des terres, faisant apparaître les modifications qu'il est envisagé d'apporter aux limites existantes ;
3° La liste des collectivités publiques, des services et établissements publics intéressés.
Le dossier, après accord du conseil d'administration, est soumis sans délai à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci invite le directeur du port autonome à procéder à l'instruction, sans consultation de la commission nautique locale ni ouverture d'une instruction mixte.
Dans le délai de quinze jours suivant la clôture de l'instruction, le directeur du port autonome adresse le dossier, complété par les avis émis et, à défaut, les justificatifs des consultations, et le rapport d'instruction au ministre chargé des ports maritimes et au préfet de région.

Dans le cas où le port autonome est substitué à un ou plusieurs ports non autonomes, l'Etat lui remet gratuitement à la date fixée pour la mise en vigueur du nouveau régime :
1° L'administration et la jouissance des terrains et surfaces d'eau, concédés ou non, appartenant au domaine public, compris dans la circonscription du port autonome et des bâtiments et ouvrages maritimes dépendant du domaine public qui existent sur ces terrains et surfaces d'eau ;
2° L'administration et la jouissance des terrains appartenant au domaine privé de l'Etat, affectés au service de l'équipement chargé de la gestion des ports non autonomes et compris dans la circonscription du port autonome, ainsi que des ouvrages, bâtiments et matériels ayant le caractère d'immeubles par destination, dépendant du service de l'équipement mentionné ci-dessus et nécessaires à l'entretien, à l'exploitation et aux travaux ;
3° La propriété des autres matériels, mobiliers et approvisionnements du même service et utilisés aux mêmes fins.
Sont toutefois exclus de ces remises les terrains, bâtiments, mobiliers, matériels et approvisionnements du service des phares et balises.
Les remises sont faites dans l'état où se trouvent, au jour de la substitution du nouveau régime d'autonomie au régime existant, tous les immeubles et objets mobiliers.

La date à laquelle prend effet, dans les conditions fixées par l'article L. 5313-4, la remise en toute propriété au port autonome de l'actif et du passif des chambres de commerce et d'industrie mentionnés au même article est la date de substitution du nouveau régime d'autonomie au régime antérieur.
Les dispositions de l'article L. 5313-4 sont applicables aux concessions et services organisés des établissements publics ou associations de toute nature formées entre les chambres de commerce et d'industrie de la circonscription du port.
Les éléments d'actif visés au même article comportent les participations que les chambres de commerce et d'industrie ont prises au titre du compte des droits de port, des services organisés et des concessions dans les organismes de toute nature.

Lors de chacune des remises prévues aux articles R. 5313-6 et R. 5313-7, il est dressé contradictoirement un inventaire descriptif des terrains, ouvrages, bâtiments, ainsi que du matériel compris dans la remise. Pour les remises effectuées par l'Etat, cet inventaire est divisé en deux parties relatives, la première au domaine public, la seconde au domaine privé.
Il est également dressé contradictoirement un état des éléments d'actif autres que ceux mentionnés à l'alinéa précédent et détenus par les chambres de commerce et d'industrie au titre du compte des droits de port, des services organisés et des concessions ainsi que de la totalité des éléments d'actif de cette nature détenus par le port autonome existant. Ces éléments d'actif comportent notamment les fonds libres, les dépôts, les valeurs en portefeuille et les créances de toute nature.
Cet inventaire porte également sur les charges et obligations attachées aux biens remis et aux activités transférées.
Les différends auxquels pourrait donner lieu l'établissement des inventaires sont réglés par le ministre chargé des ports maritimes et le ministre intéressé.