Sous réserve des cas où une autre autorité administrative est compétente pour y procéder, le préfet du département où doit se dérouler l'opération en vue de laquelle l'enquête publique est demandée désigne, par arrêté, un commissaire enquêteur.
Lorsque cette opération doit se dérouler sur le territoire de plusieurs départements, cette désignation s'effectue par arrêté conjoint des préfets concernés.

Le préfet peut désigner une commission d'enquête dont il nomme le président, le cas échéant selon les modalités prévues au second alinéa de l'article R. 111-2. Les membres de la commission d'enquête sont nommés en nombre impair.

Le commissaire enquêteur ou les membres de la commission d'enquête sont choisis parmi les personnes figurant sur les listes d'aptitude prévues à l'article L. 123-4 du code de l'environnement.
Ne peuvent être désignées pour exercer les fonctions de commissaire enquêteur ou de membre de la commission d'enquête ni les personnes appartenant à l'administration de la collectivité ou de l'organisme bénéficiaire de l'opération projetée ou participant à son contrôle, ni les personnes intéressées à l'opération, soit à titre personnel, soit en raison des fonctions qu'elles exercent, ou ont exercées depuis moins de cinq ans.