La phase amont comprend l'extraction, la culture des biocarburants, le raffinage, la transformation, le transport et la distribution des sources d'énergie.
Ne sont pas prises en compte les émissions liées à la construction et à l'entretien des équipements de production des sources d'énergie.

Pour évaluer la quantité de source d'énergie consommée par un moyen de transport dans la phase de fonctionnement, le prestataire effectue le produit du taux kilométrique de consommation de source d'énergie du moyen de transport par la distance considérée.

Pour attribuer au bénéficiaire de la prestation la part qui lui revient en cas de pluralité de bénéficiaires, le prestataire multiplie la quantité de source d'énergie consommée par le moyen de transport par le rapport entre le nombre d'unités transportées pour la prestation et le nombre d'unités transportées dans le moyen de transport.

Pour quantifier les unités transportées, le prestataire prend comme référence :
1° Pour le transport de personnes : le passager ;
2° Pour le transport de marchandises : la masse, le volume, la surface, le mètre linéaire ou le colis.
La masse des marchandises à prendre en compte est la masse brute.
Pour le transport mixte maritime de personnes et de marchandises, les références indiquées ci-dessus sont utilisées après qu'une décomposition de la consommation de source d'énergie du navire entre passagers et marchandises a été effectuée selon le nombre de ponts qui leur sont réservés.
Pour le transport mixte aérien de personnes et de marchandises, le prestataire prend comme référence la masse. Les passagers sont pris en compte par une masse forfaitaire dont la valeur est fixée par arrêté du ministre chargé des transports.

Le prestataire peut adapter en tant que de besoin la méthode indiquée aux articles D. 1431-8 à D. 1431-10 pour utiliser l'une des références suivantes :
1° Pour le transport de personnes : le produit du nombre de passagers par la distance, ou le déplacement ;
2° Pour le transport de marchandises : le produit de la masse par la distance, le produit du volume par la distance, le produit de la surface par la distance, le produit du mètre linéaire par la distance ou le produit du nombre de colis par la distance.
Le prestataire peut choisir d'autres références afin de mieux rendre compte des spécificités de ses opérations de transport. Il porte alors à la connaissance du bénéficiaire le caractère spécifique du calcul conformément aux dispositions de l'article D. 1431-20.

Le prestataire détermine :
1° Le taux de consommation de source d'énergie du moyen de transport ;
2° Le nombre d'unités transportées dans le moyen de transport, selon des niveaux classés ci-après par ordre croissant de précision :
a) Niveau 1 : valeurs définies par arrêté du ministre chargé des transports ;
b) Niveau 2 : valeurs calculées par le prestataire comme la moyenne sur l'activité de sa flotte de moyens de transport ;
c) Niveau 3 : valeurs calculées par le prestataire comme les moyennes sur les sous-ensembles issus d'une décomposition complète de son activité par schéma d'organisation logistique, par type d'itinéraire, par client, par type de moyen de transport ou toute autre décomposition complète appropriée ;
d) Niveau 4 : valeurs mesurées ou constatées par le prestataire lors de l'exécution de la prestation de transport.

Le prestataire détermine la manière selon laquelle il prend en compte les trajets de repositionnement, les trajets effectués à vide et les émissions à l'arrêt, moteur en marche.

Les services de transport de masse visant à l'optimisation de leur coefficient de remplissage peuvent, dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé des transports et pour une durée limitée à compter de leur début d'exploitation, utiliser une valeur représentative du nombre optimal d'unités transportées dans le moyen de transport. Le prestataire porte alors à la connaissance du bénéficiaire le caractère spécifique du calcul conformément aux dispositions de l'article D. 1431-20.

Le prestataire détermine la durée sur laquelle sont calculées les valeurs moyennes relevant du niveau 2 ou du niveau 3, mentionnées à l'article D. 1431-12, qui ne peut dépasser trois ans. Il actualise ces valeurs moyennes à la même fréquence.

L'information fournie par le sous-traitant d'un prestataire et élaborée conformément aux dispositions du présent chapitre et de ses textes d'application est reprise sans altération par le prestataire dans sa méthode de calcul.
A défaut ou si l'information n'est pas fournie dans le délai permettant de respecter les dispositions de l'article D. 1431-21 ou si elle est manifestement erronée, le prestataire reconstitue l'information en utilisant les valeurs de niveau 1 mentionnées à l'article D. 1431-12. Il en informe le sous-traitant.

Le prestataire qui utilise un nouveau moyen de transport dont il n'a pas encore lui-même observé la consommation de source d'énergie peut :
1° Utiliser les données relatives au taux de consommation de source d'énergie communiquées par le fournisseur du moyen de transport ;
2° Maintenir les taux de consommation de source d'énergie qu'il utilisait avant l'arrivée dans sa flotte du nouveau moyen de transport ;
3° Pour les calculs concernant spécifiquement ce nouveau moyen de transport, utiliser les valeurs de niveau 1 mentionnées à l'article D. 1431-12.
Les dispositions du présent article sont applicables pendant la durée nécessaire au prestataire pour observer et incorporer la consommation de source d'énergie du nouveau moyen de transport dans sa méthode de calcul. Cette durée ne peut dépasser la durée d'actualisation des valeurs moyennes mentionnée à l'article D. 1431-15.

La conformité de la méthode mise en œuvre par un prestataire avec les dispositions du présent chapitre et de ses textes d'application peut être attestée par un organisme accrédité à cet effet par le Comité français d'accréditation ou par tout organisme d'accréditation signataire de l'accord européen multilatéral établi dans le cadre de la coopération européenne des organismes d'accréditation. Un arrêté du ministre chargé des transports précise les modalités d'application du présent article.

Les personnes mentionnées à l'article D. 1431-2 sont tenues de fournir les informations prévues par le présent chapitre à compter du 1er octobre 2013.
Le ministre chargé des transports établit avant le 1er janvier 2016 un rapport sur la mise en œuvre des dispositions du présent chapitre, notamment sur l'application du 2° de l'article D. 1431-16. Ce rapport est rendu public.