L'Agence nationale de l'accueil des étrangers et des migrations est dirigée par un directeur général nommé par décret sur proposition du ministre chargé de l'immigration.

Le directeur général représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile.

Le directeur général assure la gestion et la conduite générale de l'agence, la préparation et l'exécution des délibérations du conseil d'administration. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement. Il passe tous actes, contrats ou marchés et conclut les transactions.

Le directeur général peut déléguer sa signature à tout agent de l'établissement exerçant des fonctions d'encadrement.
Il peut nommer des ordonnateurs secondaires.

Le directeur général élabore la contribution de l'agence au rapport annuel sur les orientations pluriannuelles de la politique d'immigration prévu par l'article L. 111-10 du code de l'entrée et du séjour des étrangers et du droit d'asile.

Il dresse chaque année un rapport qu'il présente au conseil d'administration au cours du premier semestre, qui rend compte de l'exécution du contrat pluriannuel mentionné à l'article R. 5223-3 et de l'activité de l'agence durant l'exercice écoulé.

Le directeur général transmet, chaque mois, au ministre chargé de l'intégration les données relatives aux opérations concernant :
1° D'une part, l'accueil des étrangers titulaires d'un premier titre de séjour d'au moins un an ;
2° D'autre part, l'accueil et l'hébergement des demandeurs d'asile et des réfugiés.