Le Conseil supérieur de la pêche est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable du Conseil supérieur de la pêche est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la pêche en eau douce.

Des comptables secondaires peuvent être nommés par le directeur général après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Les marchés passés par le Conseil supérieur de la pêche le sont dans les formes et conditions prescrites par le code des marchés publics.

Les ressources du Conseil supérieur de la pêche comprennent :

1° Le produit de la taxe piscicole prévue à l'article L. 436-1 ;

2° La rémunération des services rendus et toutes ressources qu'il tire de son activité ;

3° Les produits des redevances et contributions afférentes aux inventions et procédés nouveaux ;

4° Le produit des publications ;

5° Les fonds de contrats sur programme ;

6° Les dons et legs ;

7° Les subventions de l'Etat ;

8° Les subventions des collectivités territoriales, des établissements et autres organismes publics ;

9° Le produit de l'aliénation ou de la location des biens, meubles et immeubles ;

10° Les produits financiers, l'intérêt et le remboursement des prêts et avances ;

11° Les emprunts ;

12° Toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements en vigueur.

Il peut être institué auprès de l'établissement des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.