Les modalités d'organisation et de fonctionnement de la mission régionale de santé sont fixées par une convention conclue entre l'agence régionale de l'hospitalisation et l'union régionale des caisses d'assurance maladie. Cette convention précise notamment :

1° Les procédures internes d'instruction et d'adoption des décisions ;

2° Les modalités d'association aux décisions mentionnées au 1° de la commission exécutive de l'agence régionale de l'hospitalisation et du conseil de l'union régionale des caisses d'assurance maladie mentionnés aux articles L. 6115-7 du code de la santé publique et L. 183-2 du présent code ;

3° Les modalités selon lesquelles l'agence régionale de l'hospitalisation et l'union régionale des caisses d'assurance maladie concourent à la réalisation des missions mentionnées à l'article L. 162-47 ;

4° Les conditions d'établissement par le directeur de la mission du rapport annuel d'activité. Ce rapport est transmis aux ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale ainsi qu'aux présidents de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie et de la conférence régionale ou territoriale de santé.

La mission régionale de santé est dirigée alternativement, par périodes d'une année commençant le 1er janvier, par le directeur de l'agence régionale de l'hospitalisation et le directeur de l'union régionale des caisses d'assurance maladie. Cette fonction de direction est exercée gratuitement.