La gestion administrative du fonds est confiée à la Caisse des dépôts et consignations.

La gestion administrative du fonds comprend notamment :
1° L'aide à la tenue, par l'agent comptable du fonds, de la comptabilité du fonds par fonction publique et par région ;
2° L'élaboration des formulaires de déclaration et de demande de financement ;
3° Sous l'autorité du directeur, la préparation des séances du comité national et des comités locaux, le suivi de leurs travaux et la mise en œuvre de leurs délibérations ;
4° Le contrôle des déclarations ;
5° L'instruction des demandes de financement présentées par les employeurs ;
6° La mise en place d'une assistance technique aux employeurs, laquelle comprend, notamment, une plate-forme en ligne dédiée au fonds ;
7° La mise à disposition du fonds des moyens matériels et humains nécessaires à son fonctionnement.

Le gestionnaire administratif :
1° Individualise dans ses écritures les opérations afférentes à chaque fonction publique et à chaque région ;
2° Rend compte au comité national, à chaque séance, de l'état d'avancement de la consommation des crédits d'intervention du fonds par fonction publique et par région.
Le gestionnaire administratif exerce ses missions en liaison avec le fonds ; à ce titre, il tient à la disposition du directeur les informations nécessaires à l'exercice de ses responsabilités et répond, le cas échéant, à ses demandes d'expertise.

Le rapport annuel mentionné au 11° de l'article R. 351-28 est préparé par le gestionnaire administratif.
Il présente notamment :
1° Le montant détaillé des contributions collectées par fonction publique et par région ;
2° Le nombre de travailleurs handicapés employés dans chaque fonction publique par catégorie de bénéficiaires, par catégorie hiérarchique, par sexe, par tranche d'âge et par mode de recrutement ;
3° Le bilan des opérations effectuées par fonction publique et par région ;
4° Les coûts de gestion du fonds ;
5° Des propositions pour améliorer le fonctionnement du fonds.
Ce rapport est transmis au comité national, au plus tard le 30 juin de l'année suivant l'exercice considéré.

Le rapport annuel mentionné au 4° de l'article R. 351-37 est préparé par le gestionnaire administratif.
Il présente notamment :
1° Le nombre de travailleurs handicapés employés dans chaque fonction publique par catégorie de bénéficiaires, par catégorie hiérarchique, par sexe, par tranche d'âge et par mode de recrutement ;
2° Le bilan des opérations effectuées par fonction publique ;
3° Des propositions pour améliorer le fonctionnement du fonds.
Ce rapport est transmis, au plus tard, le 30 avril de l'année suivant l'exercice considéré, au comité national.

Une convention d'objectifs et de gestion, conclue entre le fonds, les ministres de tutelle et le gestionnaire administratif, pour une durée minimale de cinq ans, détermine les objectifs pluriannuels de la gestion administrative, les moyens dont le gestionnaire administratif dispose pour les atteindre et les actions mises en œuvre à ces fins par les signataires.
Elle fixe notamment :
1° Les modalités de calcul, de répartition et d'évolution de l'enveloppe budgétaire allouée au gestionnaire administratif du fonds ;
2° Les objectifs liés à la performance et au coût de la gestion ainsi qu'à l'amélioration de la qualité du service aux employeurs ;
3° Le processus d'évaluation contradictoire des résultats obtenus au regard des objectifs fixés.
Cette convention contient les indicateurs quantitatifs et qualitatifs associés à la définition des objectifs.
Le président du comité national signe la convention et en assure également le suivi.