Le directeur du fonds est nommé par arrêté des ministres chargés des personnes handicapées de la fonction publique, des collectivités territoriales, de la santé et du budget, pour une durée de trois ans renouvelable.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec celles de membre du comité national.

Le directeur :
1° Prépare et met en œuvre les délibérations du comité national ;
2° Représente le fonds en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
3° Prépare et exécute le budget du fonds ;
4° Est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
5° Elabore le projet de règlement intérieur du comité national et des comités locaux ;
6° Signe les contrats, conventions et marchés du fonds et en contrôle l'exécution ;
7° Conclut les transactions après accord du comité national ;
8° Recrute, nomme et gère le personnel du fonds ;
9° Emet le titre exécutoire prévu à l'article R. 351-17.
Le directeur peut déléguer sa signature à des agents du fonds dans les limites et conditions fixées par le comité national.