Les programmes de sélection sont approuvés par le ministre chargé de l'agriculture. Ils sont publiés au Bulletin officiel du ministère chargé de l'agriculture.

Le ministre se prononce, après avis de l'Institut français du cheval et de l'équitation, sur les demandes d'approbation des programmes de sélection des espèces équines ainsi que sur toute modification d'un programme approuvé relevant de l'article 9 du règlement (UE) 2016/1012 du Parlement européen et du Conseil du 8 juin 2016 relatif aux conditions zootechniques et généalogiques applicables à l'élevage, aux échanges et à l'entrée dans l'Union de reproducteurs de race pure, de reproducteurs porcins hybrides et de leurs produits germinaux.

Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise la composition et les modalités de dépôt des dossiers de demande d'approbation des programmes de sélection.

L'instruction des demandes de modification des programmes de sélection approuvés des espèces bovine, ovine, caprine ou porcine relevant de l'article 9 du règlement (UE) 2016/1012 du Parlement européen et du Conseil du 8 juin 2016 est déléguée à l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer).