L'Institut national d'histoire de l'art est administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique. Il est dirigé par un directeur général.
Il est composé de départements et de services placés sous l'autorité du directeur général.

Les élections pour la désignation des représentants du personnel au conseil d'administration de l'Institut national d'histoire de l'art ont lieu au scrutin uninominal à deux tours, à la majorité absolue au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix à l'issue du second tour, le siège est attribué au candidat le plus âgé.
Sont électeurs et éligibles les personnels assurant un service au moins égal à un mi-temps.
Le directeur général de l'institut est chargé de l'organisation des opérations électorales. Il fixe la date des scrutins. Il établit les listes électorales qui sont publiées quinze jours avant la date retenue pour les scrutins. Il convoque les collèges électoraux.
Tout recours juridictionnel contre les élections doit être précédé d'un recours déposé auprès du directeur général dans un délai de cinq jours à compter de l'affichage des résultats au siège de l'institut. Le directeur général statue sur ce recours dans les huit jours de son dépôt. A défaut, le recours est réputé rejeté.

Le président du conseil d'administration de l'Institut national d'histoire de l'art est élu parmi les personnalités qualifiées pour la durée de son mandat de membre.
Un vice-président est élu dans les mêmes conditions. Il remplace le président en cas d'empêchement.
Le président veille à l'accomplissement par l'Institut national d'histoire de l'art de ses missions et, en particulier, au développement des liens de ce dernier avec les établissements et organismes intervenant dans ses domaines d'activité.
Il fixe, après avis du directeur général, l'ordre du jour des séances du conseil d'administration et s'assure de l'exécution de ses délibérations.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :

1° Les orientations générales de l'Institut national d'histoire de l'art et le contrat d'établissement ;

2° L'organisation interne de l'institut, notamment, après avis du conseil scientifique, la création et la modification de départements ;

3° La durée des fonctions des directeurs de département, sur proposition du conseil scientifique, sous réserve des dispositions statutaires applicables, ainsi que, sur proposition du même conseil, les conditions et modalités de recrutement et la durée des fonctions du personnel scientifique exerçant des fonctions de recherche ;

4° La création et la modification de services communs, dans les mêmes conditions que celles mentionnées au 3°, sur proposition du directeur général ;

5° La création d'un service d'activités industrielles et commerciales pour la gestion des activités mentionnées aux articles L. 123-5 et L. 711-1 du même code ;

6° Les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel ;

7° Le budget et ses modifications ;

8° Le compte financier et l'affectation des résultats ;

9° Le règlement intérieur, qui fixe notamment les conditions de la concertation entre l'institut et les institutions liées à son activité ;

10° Le programme scientifique, sur proposition du conseil scientifique ;

11° (Abrogé) ;

12° Les actions en justice et les transactions ;

13° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;

14° Les emprunts, prises de participations financières et créations de filiales ;

15° L'acceptation des dons et legs ;

16° Les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés ;

17° Les modalités de tarification des prestations et services rendus par l'institut.

Il détermine les catégories de contrats, conventions, marchés et transactions que le directeur général est autorisé à conclure. Ce dernier en rend compte au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Le conseil d'administration de l'Institut national d'histoire de l'art se réunit au moins deux fois par an. Il est convoqué par son président qui fixe l'ordre du jour de la séance.

Il est également convoqué à la demande des ministres mentionnés à l'article R. 351-1 et, selon des modalités précisées par le règlement intérieur, à la demande de la moitié au moins de ses membres.

Sauf urgence, l'ordre du jour des réunions et les documents s'y rapportant sont communiqués aux membres du conseil au moins dix jours à l'avance.

En cas d'empêchement temporaire, les membres du conseil d'administration sont remplacés, s'il y a lieu, par leur suppléant. A défaut, il peut être donné procuration à un autre membre du conseil. Nul ne peut être porteur de plus d'une procuration.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la majorité de ses membres en exercice est présente ou représentée ou participe à la séance dans les conditions prévues par le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement, quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.

Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés par les membres du conseil d'administration participant à la délibération dans les conditions prévues au cinquième alinéa. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

A l'exception de celles qui sont relatives au budget propre des composantes et des services communs, les dispositions des articles R. 719-51 à R. 719-109-1 du code de l'éducation sont applicables à l'Institut national d'histoire de l'art.

Les compétences attribuées au recteur de région académique et au ministre chargé de l'enseignement supérieur sont exercées par les ministres mentionnés à l'article R. 351-1 du présent code et par le ministre chargé du budget.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 711-12 du code de l'éducation, les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles, la participation à des organismes dotés de la personnalité morale, la création de filiales et les prises de participation financières sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse déjà notifiée, dans un délai d'un mois à compter de la réception de ces délibérations, sauf opposition des ministres chargés de la tutelle ou du ministre chargé du budget.

Le directeur général est nommé par décret pour trois ans, sur proposition conjointe des ministres mentionnés à l'article R. 351-1. Il est choisi parmi les personnalités exerçant ou ayant exercé des activités dans les domaines correspondant aux missions de l'Institut national d'histoire de l'art. Il ne peut exercer plus de trois mandats consécutifs.
Il est assisté d'un directeur général des services.

Le directeur général dirige l'Institut national d'histoire de l'art. A ce titre :

1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;

2° Il prépare et exécute le budget et les autres délibérations du conseil d'administration ;

3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;

4° Il est responsable du bon fonctionnement de l'établissement et du respect de l'ordre et de la sécurité ;

5° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;

6° Il nomme les directeurs de département et les responsables de service ;

7° Il conclut les contrats et conventions dans les conditions définies à l'article R. 351-7 ;

8° Il accomplit tous actes conservatoires concernant notamment les libéralités ;

9° Il établit le rapport annuel d'activité de l'institut et élabore le programme scientifique.

Le directeur général peut déléguer sa signature à des agents placés sous son autorité. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux agents placés sous son autorité désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative, scientifique ou pédagogique au sein de l'établissement, d'une composante ou d'une unité de recherche. Ces agents peuvent déléguer leur signature à des agents placés sous leur autorité.