Le Conseil supérieur de la fonction publique territoriale se réunit au moins quatre fois par an à l'initiative de son président.
Il est également convoqué par son président dans le délai de deux mois suivant la demande écrite présentée par un tiers des membres du collège des représentants des organisations syndicales ou un tiers des membres du collège des représentants des collectivités territoriales en vue de l'examen de toute question relative à la fonction publique territoriale.
Le président peut réunir préalablement la formation spécialisée compétente.

Les membres titulaires et suppléants reçoivent, au moins quatorze jours avant la date de l'assemblée plénière, par voie électronique ou, à leur demande, par courrier, une convocation comportant l'ordre du jour de la séance et les documents nécessaires à l'examen des affaires qui y sont inscrites.

Le ministre chargé des collectivités territoriales peut, en tant que de besoin, demander la réunion du Conseil supérieur dans le délai de dix jours.

Les questions soumises au Conseil supérieur sont soit inscrites directement à l'ordre du jour de l'assemblée plénière, soit renvoyées pour instruction à l'une des formations spécialisées. Une fois l'instruction terminée, l'affaire est portée devant l'assemblée plénière.

Les demandes d'avis présentées par le Gouvernement sont inscrites par priorité à l'ordre du jour du Conseil supérieur.