Le Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat siège soit en assemblée plénière soit en formation spécialisée.

Des commissions, permanentes ou temporaires, peuvent être constituées par décret auprès du Conseil supérieur pour l'étude de questions déterminées. Le Conseil supérieur peut formuler des propositions en ce sens.

Les organisations syndicales représentées au Conseil supérieur disposent dans chacune de ses formations spécialisées, à l'exception de la formation spécialisée mentionnée à l'article R. 243-20, d'un siège pour celles des organisations ayant un ou deux sièges au Conseil supérieur et de deux sièges pour celles des organisations ayant trois sièges ou plus au Conseil supérieur.
La formation spécialisée mentionnée à l'article R. 243-20 comprend les membres titulaires désignés par les organisations syndicales du Conseil supérieur en application des dispositions des articles R. 241-1, R. 243-1 et R. 243-2.
Au sein de ces formations spécialisées, chaque organisation syndicale dispose de deux fois plus de suppléants que de titulaires.