Le directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger nomme ordonnateurs secondaires les chefs des instituts régionaux de formation, les chefs des établissements en gestion directe et les chefs des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article D. 452-1.

Il prépare et présente le budget de l'établissement public qui comporte l'ensemble des recettes et des dépenses des services centraux, des instituts régionaux de formation, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.

Au sein de ce budget, un tableau spécifique regroupe, par section et par nature, l'ensemble des budgets établis par les ordonnateurs secondaires des instituts régionaux de formation, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.

Le budget de l'agence comprend un compte de résultat prévisionnel et un tableau de financement abrégé prévisionnel. Les recettes et les dépenses y sont classées par nature selon le plan comptable de l'agence défini par le directeur de l'agence, approuvé par le ministre chargé du budget.

Des agents comptables secondaires sont nommés dans les instituts régionaux de formation, les établissements en gestion directe ou dans les établissements principaux des groupements, avec l'agrément de l'agent comptable de l'agence, par décision du directeur de l'agence. Plusieurs instituts régionaux de formation ou établissements en gestion directe peuvent être dotés du même agent comptable secondaire.

A la fin de chaque exercice, l'agent comptable prépare le compte financier de l'agence pour l'exercice écoulé. Ce compte retrace en un document unique les recettes perçues et les dépenses effectuées par les services centraux de l'agence ainsi que par les instituts régionaux de formation et les établissements d'enseignement.