Un agent exerçant des fonctions d'inspection générale au sein de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable est désigné par le ministre chargé des ports maritimes en qualité de commissaire du Gouvernement auprès du port autonome. Il s'assure de la compatibilité des orientations et des décisions adoptées par les autorités du port avec les intérêts dont l'Etat a la charge, notamment en matière de politique portuaire nationale, d'environnement et de développement économique. Il vérifie la régularité de l'ensemble des opérations du conseil d'administration et des instances auxquelles il délègue des compétences.

L'autorité chargée du contrôle économique et financier, désignée par le ministre de l'économie et des finances, exerce le contrôle budgétaire du port autonome.

Tous deux sont convoqués aux séances du conseil d'administration et ont voix consultative.