L'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est soumise aux principes et règles de gestion budgétaire et comptable prévus par les dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les recettes de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations de l'Etat, de l'Union européenne, des collectivités territoriales, des établissements publics ou de toutes autres personnes physiques ou morales ;
2° Les revenus des biens meubles et immeubles, fonds et valeurs ;
3° Les dons et legs faits au profit de l'établissement ;
4° Les produits de la vente des publications et documents de formation élaborés ou diffusés par l'école ;
5° Les produits de conventions et contrats portant notamment sur les travaux, études ou recherches effectués par l'école ;
6° Les produits de conventions et contrats portant sur la formation des partenaires du service public pénitentiaire ou sur la formation d'auditeurs étrangers exerçant ou ayant vocation à exercer une mission pénitentiaire ;
7° Les contributions de personnes publiques ou privées versées en contrepartie de prestations de services fournies par l'école ;
8° Les produits financiers ;
9° Les contributions aux frais de restauration et d'hébergement ou à tous autres frais des personnes séjournant à l'école ;
10° Toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire comprennent :
1° Les frais de rémunération des personnels titulaires et contractuels ;
2° Les frais de vacations ;
3° Les acquisitions des biens immobiliers ;
4° Les baux et locations d'immeubles ;
5° Les frais de fonctionnement et les frais d'équipement et, d'une manière générale, tous ceux qui sont nécessaires à son activité.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.

Un arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget détermine les conditions d'affectation à l'établissement des biens meubles et immeubles nécessaires à son fonctionnement. Une convention conclue entre l'Etat et l'établissement définit les modalités d'utilisation des biens ainsi affectés.

Les objectifs que l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire s'engage à atteindre et les moyens que l'Etat met, à cette fin, à sa disposition peuvent faire l'objet d'une convention pluriannuelle.