Les personnes détenues militaires en état de prévention devant un tribunal des forces armées ne doivent pas être placées en commun avec des personnes détenues non militaires.
Après condamnation, elles sont soumises au même régime que les autres personnes condamnées de leur catégorie, compte tenu des dispositions de l'article L. 211-4. Toutefois, les mesures prévues par les dispositions des articles 723 et 723-3 du code de procédure pénale ne peuvent être accordées aux personnes condamnées militaires qu'avec l'accord préalable de l'autorité militaire dont relèvent les personnes intéressées.

Les officiers en détention provisoire et ceux qui ont conservé leur grade malgré leur condamnation, sont placés en cellule individuelle, dans toute la mesure du possible, et effectuent leur promenade séparément.

Les dispositions des articles R. 321-6 et R. 332-35 sont applicables aux personnes détenues militaires.

Pour tous les militaires, des avis de détention, de prévision de levée d'écrou et de libération sont adressés à l'autorité militaire dont ils dépendent.
Il en est de même en ce qui concerne les personnes détenues civiles soumises à obligations militaires.

Les personnes détenues militaires sont remises, dès leur libération et pour quelque cause que celle-ci intervienne, au représentant du bureau de la place ou, à défaut, à la gendarmerie, qui sont respectivement chargés de les faire mettre en route sur leur corps d'affectation.
Il en est de même pour les jeunes personnes détenues libérées titulaires d'un ordre d'appel ou d'un ordre de route et pour celles qui appartiennent à un contingent d'âge présent sous les drapeaux.

Le médecin militaire désigné par le commandant du centre médical des armées ou, à défaut, le médecin militaire de la place, l'assistant de service social de l'armée et les aumôniers militaires ont accès, dans l'exercice de leurs fonctions et pour les besoins de leur service, auprès des personnes détenues militaires.