Les ressources de Voies navigables de France comprennent :

1° Le produit des redevances de prise et de rejet d'eau ;

2° Le produit des redevances et droits fixes sur les personnes publiques ou privées pour une autre emprise sur ce domaine et un autre usage d'une partie de celui-ci, ainsi que des péages mentionnés au premier alinéa de l'article L. 4412-1 ;

3° Le produit de l'aliénation des biens meubles et immeubles dont il est propriétaire et des biens immeubles mentionnés à l'article L. 4316-2 ;

4° Les indemnités versées par l'Etat en cas d'affectation à son domaine privé d'immeubles utilisés par l'établissement public ;

5° Les produits issus des filiales et concessions ;

6° Les legs, libéralités et fonds de concours de toute nature ;

7° Le revenu des biens et des disponibilités placés ;

8° Les dotations reçues de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics et de l'Union européenne ;

9° Les emprunts ;

10° Toutes les ressources dont il peut disposer en vertu des lois et règlements.

Lorsque des éléments du domaine public fluvial dont la gestion est confiée à Voies navigables de France sont vendus, le produit de leur vente est acquis à l'établissement.
Dans le cas d'un transfert de gestion portant sur un immeuble du domaine public fluvial confié à Voies navigables de France, l'indemnité éventuelle due par le bénéficiaire du transfert est versée à l'établissement public lorsque le transfert est effectué au profit d'une autre collectivité publique que l'Etat.

La fraction non affectée aux collectivités territoriales des redevances versées, en application des articles L. 523-1 et L. 523-2 du code de l'énergie, pour des ouvrages hydroélectriques concédés et leurs ouvrages et équipements annexes installés sur le domaine public fluvial confié à Voies navigables de France, est reversée à l'établissement public.

Sont habilités à effectuer tout contrôle tendant à l'acquittement des redevances mentionnées au 1° de l'article L. 4316-1 les personnels de Voies navigables de France commissionnés par le directeur général de Voies navigables de France et assermentés dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat.

Les agents de Voies navigables de France mentionnés au premier alinéa de l'article L. 4316-10 peuvent procéder à des contrôles de l'assiette des redevances mentionnées au 1° de l'article L. 4316-1. Ces opérations sont précédées de l'envoi d'un avis portant mention de la date et de l'objet du contrôle.

Sans préjudice de la répression au titre des contraventions de grande voirie, en cas d'installation sans titre des ouvrages donnant lieu au paiement des redevances mentionnées au 1° de l'article L. 4316-1, l'occupant ou le bénéficiaire de ces ouvrages est immédiatement redevable de cette redevance, majorée dans la limite de 100 % des sommes éludées.

Sans préjudice de la répression au titre des contraventions de grande voirie, en cas de modification des ouvrages donnant lieu au paiement des redevances mentionnées au même 1° induisant une augmentation du volume d'eau prélevable ou rejetable sans modification préalable du titre d'occupation ou d'utilisation du domaine public fluvial confié à Voies navigables de France ou en cas de rejets sédimentaires non autorisés, le titulaire du titre d'occupation ou d'utilisation domaniale est immédiatement redevable de cette redevance, pour la partie correspondant à ce nouveau volume, majorée dans la limite de 100 % des sommes éludées.

Pour fixer le montant de la majoration, l'autorité administrative prend en compte les circonstances et la gravité du manquement ainsi que la situation économique de son auteur.