Dans les procédures relevant de sa compétence, le procureur européen délégué conduit les investigations conformément aux dispositions applicables à l'enquête de flagrance ou à l'enquête préliminaire et aux dispositions du code des douanes.

Toutefois, lorsqu'il est nécessaire soit de mettre en examen une personne ou de la placer sous le statut de témoin assisté, soit de recourir à des actes d'investigation qui ne peuvent être ordonnés qu'au cours d'une instruction, en raison de leur durée ou de leur nature, le procureur européen délégué conduit les investigations conformément aux dispositions applicables à l'instruction, sous réserve des dispositions de la section 3 du présent chapitre.

Lorsqu'il poursuit les investigations après l'expiration des délais d'enquête prévus à l'article 75-3, le procureur européen délégué est également tenu de procéder conformément aux dispositions applicables à l'instruction.

Lorsque le procureur de la République se dessaisit au profit du Parquet européen, les investigations se poursuivent dans le cadre de l'article 696-113 ou, s'il y a lieu, de l'article 696-114.

Lorsque le juge d'instruction rend une ordonnance de dessaisissement au profit du Parquet européen, les investigations se poursuivent dans le cadre du même article 696-114.