Sur le ressort de l'établissement pénitentiaire dans lequel les mineurs sont incarcérés, le directeur territorial de la protection judiciaire de la jeunesse réunit au moins deux fois par an la commission d'incarcération pour déterminer la politique locale en matière de prise en charge des mineurs détenus, et de continuité de la prise en charge éducative en cas d'incarcération et en cas de libération.
Le directeur territorial de la protection judiciaire de la jeunesse transmet le compte-rendu de la commission d'incarcération au directeur interrégional de la protection judiciaire de la jeunesse.

La commission d'incarcération est composée d'un représentant de l'établissement pénitentiaire, de la protection judiciaire de la jeunesse, de l'éducation nationale et des autres membres permanents de l'équipe pluridisciplinaire qui interviennent dans l'établissement pénitentiaire. Elle comprend également un représentant du service pénitentiaire d'insertion et de probation, un représentant de l'ordre des avocats, le procureur de la République ainsi que les juges des enfants et les juges d'application des peines près le tribunal judiciaire dans le ressort duquel se trouve l'établissement pénitentiaire.
Le directeur territorial de la protection judiciaire de la jeunesse peut inviter à cette instance, en tant que de besoin, les partenaires institutionnels et du secteur associatif impliqués dans l'individualisation et la continuité des parcours des mineurs détenus ainsi que le coordonnateur de l'unité de soins.