Le directoire établit, tous les trois ans, le cas échéant en concertation avec d'autres ports de la même façade maritime, un plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison permettant de répondre aux besoins des navires utilisant le port. Ce plan n'est pas applicable au secteur fluvial d'un grand port fluvio-maritime.
Un arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé de l'environnement définit le contenu et les modalités d'élaboration de ce plan, qui comportent notamment le recensement des besoins et des installations utilisables, les procédures de réception et le système de tarification.
Le plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison est approuvé par le préfet du département dans lequel se situent les installations principales du port.
En cas de modification significative des conditions d'exploitation du port ayant des répercussions sur les besoins en installations portuaires de réception des déchets d'exploitation et des résidus de cargaison, le plan est mis à jour et approuvé dans les mêmes conditions que le plan initial.
Lorsqu'un grand port maritime est substitué à un port relevant de l'Etat, le plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison reste en vigueur jusqu'à la date prévue de sa révision.