Le conseil d'administration de Voies navigables de France comprend :
1° Neuf représentants de l'Etat, deux nommés par arrêté du ministre chargé des transports dont un choisi parmi les présidents des directoires des grands ports maritimes ou les présidents des directoires des grands ports fluvio-maritimes, les autres représentants de l'Etat étant nommés respectivement par arrêté du ministre chargé de l'économie, du ministre chargé du budget, du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé du tourisme, du ministre chargé de l'environnement, du ministre chargé de l'énergie et du ministre chargé des collectivités territoriales ;
2° Neuf personnalités nommées par arrêté du ministre chargé des transports dont deux choisies parmi les élus locaux présidents des commissions territoriales des voies navigables mentionnées à l'article R. 4312-20, une proposée par la profession des entreprises de la batellerie artisanale, une par le Comité des armateurs fluviaux, une par l'Association des utilisateurs de transport de fret, une par le ministre chargé de l'énergie pour représenter les entreprises de production d'électricité utilisant l'énergie hydraulique du domaine confié à l'établissement, une par le ministre chargé de l'environnement pour représenter les associations de protection de la nature et de l'environnement et deux choisies en raison de leur compétence en matière de transports ou d'aménagement du territoire, dont une titulaire d'un mandat électoral local ou national ;
3° Huit représentants des personnels de l'établissement élus dans les conditions fixées au 3° de l'article L. 4312-1 dont sept représentants des personnels mentionnés aux 1° à 3° de l'article L. 4312-3-1 et un représentant des personnels mentionnés au 4° du même article.

Le mandat d'administrateur est gratuit, sans préjudice du remboursement par l'établissement public des frais exposés pour l'exercice dudit mandat.
Chaque représentant des personnels dispose d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de son mandat.

Le président du conseil d'administration est nommé dans les conditions prévues par l'article L. 4312-2 pour une durée de cinq ans.
La durée du mandat des membres du conseil d'administration est de cinq ans. Ils ne peuvent exercer plus de trois mandats consécutifs.
Le nombre des membres du conseil d'administration qui ont dépassé l'âge de soixante-cinq ans ne peut être supérieur au tiers du nombre des membres du conseil. Lorsque cette limite est dépassée, le membre le plus âgé est réputé démissionnaire d'office.

En cas de vacance par décès, démission ou pour toute autre cause, notamment en cas de perte de la qualité pour laquelle les membres du conseil d'administration ont été nommés ou désignés, il est pourvu à leur remplacement dans les conditions suivantes :
1° Les représentants de l'Etat et les membres nommés en raison de leur compétence sont remplacés dans les conditions prévues par l'article R. 4312-1 ;
2° Les représentants des personnels sont remplacés par le suivant de la liste sur laquelle ils ont été élus dans l'ordre des résultats des élections.
Le mandat d'un nouveau membre expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de son prédécesseur.
Les vacances de siège des membres du conseil d'administration sont portées à la connaissance du ministre chargé des transports par le président du conseil.

Il est interdit aux administrateurs de prendre ou de conserver un intérêt personnel direct ou indirect dans une entreprise concluant un marché, un contrat ou un accord-cadre avec Voies navigables de France, sauf accord du commissaire du Gouvernement, après avis du contrôleur budgétaire.
Lorsque le conseil d'administration examine un marché, un contrat ou un accord-cadre susceptibles d'être passés avec une entreprise dans laquelle un administrateur détient un intérêt personnel direct ou indirect, l'administrateur intéressé ne prend pas part à la délibération.
Un administrateur ne prend pas part aux délibérations sur tout dossier examiné en conseil d'administration dans laquelle il pourrait avoir un intérêt personnel direct ou indirect.