L'Office français de protection des réfugiés et apatrides est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Le directeur général de l'office peut créer des régies de recettes et d'avances sur avis conforme de l'agent comptable, dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les recettes de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides sont celles mentionnées à l'article L. 121-16.
Les dépenses de l'office comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement et d'équipement ;
3° De façon générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'office.